Klub został utworzony jako Newton Heath (Lancashire & Yorkshire Railway) (w skrócie Newton Heath (L&YR) przez grupę robotników kolejowych z Manchesteru w 1878 r. Nazwa wkrótce została skrócona do Newton Heath i lokalnie stała się znana jako "The Heathens". Drużyna stała się członkiem założycielskim Football Alliance w 1889 i dołączyła do Football League w 1892 kiedy to Football Alliance i Football League złączyły się w jedną całość.Klub został utworzony jako Newton Heath (Lancashire & Yorkshire Railway) (w skrócie Newton Heath (L&YR) przez grupę robotników kolejowych z Manchesteru w 1878 r. Nazwa wkrótce została skrócona do Newton Heath i lokalnie stała się znana jako "The Heathens". Drużyna stała się członkiem założycielskim Football Alliance w 1889 i dołączyła do Football League w 1892 kiedy to Football Alliance i Football League złączyły się w jedną całość.Alex Ferguson przybył z Aberdeen FC by zastąpić Atkinsona i poprowadził klub do 11 miejsca w lidze na koniec sezonu. W następnym sezonie 1987/88, United zajęli 2 miejsce z Braianem McClairem w składzie, który zdobył w lidze 20 goli dla United, po raz pierwszy od czasów Georga Besta. Jednak mimo to, United szło bardzo źle do 1989 r. i klub był bliski spadku z ligi. Dodatkowo wiele transferów Fergusona nie znalazło akceptacji fanów. Pojawiły się pogłoski o możliwości zwolnienia Fergusona na początku 1990 r., ale zwycięstwo w 3 rundzie Pucharu Anglii nad Nottingham Forest dało nadzieję na w miarę udany sezon. United zwyciężyli Puchar, pokonując w finale Crystal Palace. United wygrali Puchar Zdobywców Pucharów w sezonie 1990/91, pokonując w finale mistrza Hiszpanii – Barcelonę, ale kolejny sezon okazał się rozczarowaniem dla United, ponieważ przegrali w końcówce tytuł mistrza ligi na rzecz Leeds United. W międzyczasie tj. w 1991 klub wszedł na Londyńską Giełdę Kapitałową i został wyceniony na 18 milionów funtów, od tej pory finanse klubu są dostępne do wglądu publicznego. Przybycie do drużyny Erica Cantony w listopadzie 1992 r. było punktem zwrotnym w historii United. Gdy Cantona zgrał się z najlepszymi zaufanymi talentami: Garym Pallisterem, Denisem Irwinem i Paulem Incem, tak dobrze jak zrobił to Ryan Giggs który już stawał się gwiazdą, skończyli sezon 1992/93 z tytułem mistrza Anglii. Był to ich pierwszy tytuł od roku 1967. W następnym sezonie po raz pierwszy wygrali dublet (ligę i Puchar Anglii), ale klub przeżył też smutne wydarzenie w tym sezonie. 20 stycznia 1994 r. umarł legendarny menadżer i prezydent klubu Matt Busby. W sezonie 1994/95, Cantona dostał zawieszenie na osiem miesięcy za wskoczenie w publiczność i zaatakowanie fana Crystal Palace Matthew Simmonsa, w meczu United na stadionie Selhurst Park. Remisując swój ostatni ligowy mecz (niewygrywając przez to ligi) i przegrywając z Evertonem w finale Pucharu Anglii, zostali największymi przegranymi sezonu. Wtedy Ferguson rozwścieczył kibiców sprzedając kluczowych zawodników i zastępując ich młodymi wychowankami klubu takimi jak: David Beckham, Gary Neville, Phil Neville i Paul Scholes. Nowi zawodnicy szybko stali się regularnymi reprezentantami Anglii. Radzili sobie zaskakująco dobrze i United wygrali dubla ponownie w sezonie 1995/96. Po raz pierwszy zdarzyło się, że angielski zespół zdobył dubla dwa razy. Wygrali ligę ponownie w 1997 r. i Eric Cantona ogłosił, że przechodzi na futbolową emeryturę w wieku lat 30. Kolejny sezon (1997/1998) zaczęli dobrze, ale ukończyli go na drugim miejscu, za Arsenalem, który wygrał dubla w tym sezonie. 1998/1999 był sezonem, w którym Manchester United odniósł największe sukcesy, w całej angielskiej historii klubów piłkarskich. Jako, że stali sie pierwszym i jedynym angielskim zespołem, który wygrał "potrójną koronę" – Premier League, Puchar Anglii i Ligę Mistrzów w jednym sezonie. W finałowym meczu tego sezonu pokonali Bayern Monachium w finale Ligi Mistrzów 2-1, obydwa gole zostały strzelone w doliczonym czasie gry, przez późno wprowadzonych rezerwowych Teddyego Sheringhama i Ole Gunnar Solskjæra. Alex Ferguson został później mianowany na Sir Alexa Fergusona za swój wkład w futbol. United wygrali ligę w 2000 i 2001 r., ale prasa zauważyła, że w tych sezonach zawalali walkę o odzyskanie Pucharu Ligi Mistrzów. Ferguson zaadoptował bardziej defensywne taktyki, aby sprawić, by United byli ciężsi do pokonania w Europie, ale nie przyniosło to spodziewanych efektów i United skończyli sezon na 3 miejscu w 2002 r. Odzyskali tytuł mistrza Premiership w następnym sezonie (2002/03) i zaczęli dobrze kolejny sezon, ale ich forma spadła znacząco kiedy Rio Ferdinand został zawieszony na osiem miesięcy, za nie zgłoszenie się na badanie antydopingowe. Jednak wygrali Puchar Anglii w 2004 r. eliminując z rozgrywek Arsenal (późniejszego zwycięzcy Premiership), który stał na ich drodze do finału, w którym pokonali Millwall. Sezon 2004/05 charakteryzował się w grze United małą skutecznością strzelecką, spowodowane to było głównie przez kontuzję napastnika Ruuda van Nistelrooya. United zakończyli ten sezon bez żadnego trofeum i na 3 miejscu w lidze. Tym razem nawet "nagroda pocieszenia" (Puchar Anglii) przepadła im, gdyż przegrali w finale w rzutach karnych po bezbramkowym meczu z Arsenalem. Poza murawą głównym tematem była możliwość przejęcia klubu na koniec sezonu, przez biznesmena z Tampy na Florydzie Malcolma Glazera, który aktualnie posiadał na własność zespół Tampa Bay Buccaneers, który gra w futbol amerykański. Glazer przejął kontrolę nad interesami klubu. United mieli kiepski start w sezon 2005/2006, ponieważ opuścił ich pomocnik Roy Keane i dołączył do Celtic F.C. – klubu któremu kibicował za młodu. Keane odszedł, gdy publicznie skrytykował grę niektórych swoich klubowych kolegów, za marną postawę w fazie grupowej Ligi Mistrzów. United zjęli 4 (ostatnie) miejsce w grupie i odpadli przed fazą pucharową. Zdarzyło się to po raz pierwszy od ponad dekady. Ten sezon wypadł słabo również dlatego, że czołowi gracze zespołu m.in. Gabriel Heinze, Alan Smith i Paul Scholes doznali poważnych kontuzji. Jednakże nie skończyli sezonu z pustymi rękami, wygrali Puchar Ligi Angielskiej 2006, pokonując w finale beniaminka Wigan Athletic 4-0. United zapewnili sobie także 2 miejsce w lidze i co za tym idzie automatyczną kwalfikację do fazy grupowej Ligi Mistrzów, pokonując w finałowym dniu sezonu Charlton Athletic 4-0. Także w 2006 roku nowym sponsorem United zostało AIG, którego logo widniaje na koszulkach Manchesteru od początku nowego sezonu 2006/07. Czerwone Diałby rozpoczęły swoją batalię o Premiership od pogromu Fulham London 5:1, co zapewniło im pozycję lidera po raz pierwszy od 3 lat. Sir Alex Ferguson z pewnością będzie walczył o zatrzymaniu 1 pozycji do końca sezonu. Manchester pewnie zwyciężył batalię o Mistrzostwo Anglii zdobywając 16 tytuł w historii.